Zaczątki szkoły powstały w roku szkolnym 1949/50 przy Szkole Podstawowej Nr 10 w Rudzie Śląskiej. Były to tylko dwie klasy I i II. Pracę prowadziły dwie panie, z których jedna Waleria Babiak pełniła funkcję kierownika tej dwuklasowej szkoły. W pierwszym roku istnienia łączna ilość dzieci w obydwu klasach wynosiła 42. Klasy mieściły się na parterze i w suterenie.
Staraniem kierownictwa szkoły, Prezydium Miejskiej Rady przydzieliło w 1950 roku 3 izby lekcyjne w budynku przy ulicy 1-go Maja 218 w Wirku. Pozostałą część budynku zajmował internat szkoły zawodowej. Ilość dzieci stale wzrastała i od roku szkolnego 1952/53 szkoła zajmowała już cały budynek. W roku szkolnym 1956/57 było już 7 oddziałów, w których zapisanych było 104 uczniów. W szkole pracowało 8 nauczycieli.
W roku szkolnym 1967/68 nastąpiła zmiana na stanowisku dyrektora szkoły, które objął były nauczyciel tej szkoły Walenty Słodek.
Stara szkoła
W roku szkolnym 1975/76 szkoła otrzymała obszerny budynek po Liceum Ogólnokształcącym na ulicy Licealnej w Wirku. Dla gromady prawie 400 uczniów był on wystarczający. Posiadał piękną salę gimnastyczną, boisko szkolne i harcówkę. Dojazd do tego budynku był doskonały dla wszystkich dzieci z różnych dzielnic Rudy Śląskiej. W tym też roku nastąpiła zmiana na stanowisku dyrektora szkoły, którym została mgr Felicja Krawczyk.
W roku szkolnym 1979/80 na skutek szkód górniczych, dużego zagrożenia i brak możliwości remontu Szkoła Specjalna została przeniesiona do dzielnicy Bielszowice na ulicę Bielszowicką 108, gdzie mieści się do dnia dzisiejszego.
W roku szkolnym 1984/85 w szkole było zatrudnionych 35 nauczycieli na pełnym etacie i 6 nauczycieli na 1/2 etatu. 6 nauczycieli prowadziło zajęcia indywidualne w domach uczniów. Liczba dzieci w tym roku szkolnym wynosiła 420.
W latach 1988 - 2007 dyrektorem szkoły była mgr Elżbieta Rybarska. W roku szkolnym 1992/93 otwarta została w naszym mieście Szkoła Życia, obecnie Zespół Szkół nr 3 im. św. Łukasza do której odeszli wraz z wychowawcami uczniowie czterech klas. W naszej szkole pozostało 18 oddziałów, w których uczyło się 251 uczniów. Pracę dydaktyczną i wychowawczą prowadziło 34 nauczycieli w tym 5 w niepełnym wymiarze godzin. W roku szkolnym 1999/2000 uchwałą Rady Miejskiej zostało utworzone Gimnazjum Nr 15. Od tej pory funkcjonowały obok siebie dwie szkoły: Szkoła Podstawowa Nr 11 oraz Gimnazjum Nr 15, które to tworzyły Zespół Szkół Specjalnych Nr 1 w Rudzie Śląskiej. W roku 2003 szkoła zmieniła nazwę na Zespół Szkół Nr 4.
1 września 2007 roku dyrektorem szkoły została mgr Anna Dąbrowska. W lutym 2012 roku rozpoczął się wielki remont szkoły, który trwał aż do grudnia. W okresie remontu wynajmowaliśmy pomieszczenia w Zespole Szkół Nr 2 Specjalnych w dzielnicy Ruda. W tym czasie nasza szkoła była poddana procesowi rektyfikacji, czyli prostowania budynku za pomocą specjalistycznych siłowników. Przy okazji wymieniono okna, naprawiono dach i odmalowano budynek. 1 września 2012 roku rozpoczęliśmy naukę w naszej wyremontowanej szkole, chociaż prace wykończeniowe jeszcze trwały.
W 2013 roku przy naszej szkole zostało powołane Stowarzyszenie "Warto!", które prowadzi działalność edukacyjną, oświatową i charytatywną, ukierunkowaną na pomoc rodzinie oraz rehabilitację zawodową i społeczną osób niepełnosprawnych.
4 listopada 2014 roku Szkole Podstawowej Nr 11 oraz Gimnazjum Nr 15 uroczyście zostało nadane imię św. Jana Pawła II.
W roku szkolnych 2016/2017 szkoła została poddana kolejnemu remontowi. Tym razem została wymieniona instalacja grzewcza, a wnętrze szkoły wymalowane. Na zewnątrz budynek został ocieplony i wykonano nową elewację. Dodatkowo na dachu szkoły zainstalowano solary.
Na początku 2017 roku w szkole powstało koło wsparcia dla rodziców i opiekunów dzieci autystycznych.
Od września 2017 roku w naszej szkole mają swój oddział przedszkolaki.
W wyniku reformy oświaty dotychczasowa sześcioletnia szkoła podstawowa z dniem 1 września 2017 roku została przekształcona w ośmioletnią szkołę o nazwie Szkoła Podstawowa nr 11 Specjalna im. Świętego Jana Pawła II.
Od 12 marca 2020 roku decyzją Ministra Edukacji Narodowej , wynikającą z konieczności zapobiegania rozprzestrzenianiu się koronawirusa COVID-19 funkcjonowanie jednostek systemu oświaty zostało czasowo ograniczone. Nasza szkoła, podobnie jak inne placówki oświatowe zarówno publiczne, jaki i niepubliczne prowadziły nauczanie zdalne. Taka sytuacja trwała do końca roku szkolnego. Funkcjonowanie szkoły w roku szkolnym 2020/2021 oraz 2021/2022 również było naznaczone trwaniem pandemii.
1 lutego 2024 roku dyrektorką szkoły została pani mgr Sylwia Budna.
